Atualmente, a área de jurisdição do Consulado-Geral de Portugal em Maputo é composta pelas Províncias do Sul de Moçambique e ainda pelos territórios de Eswatini, Tanzânia, Seychelles e Maurícias.
Transitoriamente, o Consulado-Geral assume igualmente responsabilidades consulares em cinco outros países da sub-região: Quénia, Etiópia, Ruanda, Sudão do Sul e Eritreia.
Estão em funcionamento Consulados Honorários, na dependência do Consulado-Geral em Maputo, em Mbabane (Eswatini), Port Louis (Maurícias), Dar es Salaam (Tanzânia) e Mombaça (Quénia).
